Mutantes dotados de poderes especiais vivem em meio à sociedade humana, mas sofrem preconceitos, pois os humanos não entendem seus dons e temem que eles dominem a sua raça. Entretanto, existe um grupo de mutantes, os X-Men, liderado pelo Professor Xavier (Patrick Stewart), que luta para vencer estes preconceitos através de modos pacíficos. Mas um outro grupo, conhecido como a Irmandade dos Mutantes, declara guerra ao seres humanos. Agora os X-men terão que ajudar os humanos a combater esses mutantes e ao mesmo tempo tentar quebrar o preconceito de que humanos e mutantes não podem viver pacificamente.